Ubuntu14.04まではGuest Additionsをマウントして実行すれば勝手に解像度を合わせてくれたのですが、16.04ではひと手間必要（といってもカーネルヘッダをインストールするだけですが）で毎回忘れるので覚書ををしておきます。
前準備
・VirtualBox上にUbuntu 16.04がインストール済み
カーネルヘッダのインストール
下記コマンドでカーネルヘッダをインストールします。
$ sudo apt-get install -y linux-headers-generic
あとは通常通りGuest Additionsをマウントして実行し、VBOXを再起動するか、一度ログアウトを行うと自動的に解像度を合わせてくれます。
