Raspbian　jessieで自作プログラムの自動起動を行おうと思ったら、Systemdを使って設定することができます。

serviceファイルの作成

下記のようなxxx.serviceファイルを/etc/systemd/system/以下に作成します。

[Unit]
Description = sample

[Service]
ExecStart=/home/pi/systemd/sample.sh
Restart=always
Type=simple

[Install]
WantedBy=multi-user.target

sample.serviceという名前で保存。
とりあえずはこんな感じでOKです。各項目を詳しく知りたい方はこのへんを参考にしてください。
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登録確認

正しく設定できているか確認。
下記のコマンドを打ちます。

$ sudo systemctl list-unit-files --type=service

こんな感じの表示が確認できればOKなはずです。

UNIT FILE                              STATE   
(略)
sample.service                    disable  
(略)

続いて起動の確認です。

# systemctl start sample（※起動時）
# systemctl stop sample（※停止時）

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デーモンとして動かすときは、下記のコマンドを打ちます。

# systemctl enable sample（※デーモン起動指定時）
# systemctl disable sample（※デーモン停止指定時）